現在の日本EMDR学会の税法上の扱いは人格のない社団等である。人格のない社団等とは、課税上の問題から、法人ではないけども法人と同様の活動をしている団体（社団や財団）を法人とみなしてこう呼ばれる。例えば、学校のＰＴＡ、研究会やクラブ、労働組合、マンションの管理組合などがあり、法人化されていない学術団体もこれに該当する。これらは人格がなく法人ではないが、税法は公平を期すために「人格のない社団等」と規定し、収益事業に対しては法人税、消費税、印紙税などが課税される。

当学会の税の扱いは以下のようになると考えられる。

消費税

• 学会の年会費は対価性がないので消費税はかからない。
• それ以外のものは収益事業でなくても対価性があるので消費税がかかってくるが、学会員のみを対象としたものは消費税がかからない。
• EMDRトレーニングは非会員も参加するので消費税がかかる。
• 収益事業に該当するものは消費税がかかる。
• 簡易課税制度を届け出る方が節税になると考えられる。

法人税

• 収益事業に対して法人税がかかってくる（表参照）。
• 学術大会、研修会、EMDRトレーニングは収益事業でないので、法人税がかからない。

印紙税

• 人格のない社団の行為は、公益及び会員相互間の親睦等の非営利事業を目的として設立されている場合には、営業にならないので印紙を貼らなくてもよい。
• 人格のない社団が作成する受取書で、収益事業に関して作成するものは、営業になるので印紙を貼る必要がある。（5万円以上の領収書の場合）
• 収益事業に該当するものは、上記のように広告収入、懇親会参加費、マニュアル販売、Tシャツ売り上げで5万円を超えるものには200円の収入印紙を貼る必要性が出てくる。